הקדמה, מצב נוכחי
החל משנת 2015 מתבצע מבחן גנומי לפרים ולפרות בCRV- הולנד. באמצעות אוכלוסיית הפרים הישראלית וההולנדית, אשר יש להם אומדני הורשה על סמך בנות ותוצאת השבב, מחשבים את ההשפעות לכול סמן על התכונות באינדקס הטיפוח. ההשפעות מיושמות על כול הגנוטיפים של פר/ה צעיר וסכומם נקרא Direct Genetic value (DGV). אומדן ההורשה הגנומי של הפר הצעיר לתכונה יהיה שקלול של סכום ההשפעות של הסמנים ואומדן ההורשה לפי הורים. אומדן ההורשה לפי הורים שווה לממוצע אומדן הורשה של האב והאם.
בשנת 2016 פותחה בספר העדר תוכנה אשר תומכת בתוכנית טיפוח במתוכנת החדשה. עיקרי התוכנה: שליפת 1,000 פרות/עגלות הגבוהות לפי אינדקס טיפוח, שידוך עם פרים שנבחרו להזריע את העתודות.
פסילת שידוך מתרחשת –
(1) כאשר מקדם קרבת דם המבוסס על כול הדורות הידועים גבוה מ-3.5%
(2) ערך התכונה של הצאצא גבוה/נמוך מסף. לדוגמא : אחוז שומן קטן מאפס.
הפרות/עגלות מוזרעות ע"י הפר המומלץ ומידי שנה נבדקים בין 300-400 עגלים אפשריים לשבב הגנטי. אחרי קבלת המבחן הגנומי נבחרים כ-40 עגלים.
הקדמה, מדינות קטנות ופרויקט IG-HOL
בעולם קיימות שתי התארגנויות ענק למבחן גנומי; צפון אמריקה ואירופה. לכול התארגנות מעל 30,000 פרים עם אומדני הורשה על סמך בנות ותוצאות שבב. תנאי סף לכניסה להתארגנות הוא 4,000 פרים עם מבחן על סמך בנות ותוצאות שבב. תנאי הסף מונע הצטרפות של מדינות קטנות. חלק מהמדינות מצאו פתרונות כמו ישראל: שיתוף פעולה עם מדינות גדולות.
ארגון האינטרבול השיק את פרויקט IG-HOL במטרה לחשב אומדן הורשה גנומי לפרים ממדינות הקטנות. בשנת 2020 הורץ המבחן השני בו אנו משתתפים. המדינות המשתתפות: קרואטיה, אירלנד, ישראל, קוריאה, פורטוגל, סלובניה, אורוגוואי ודרום אפריקה.
תוצאות
טבלה 1 – מספר הפרים והפרות מכול מדינה עם תוצאות שבב.
"מדינות התורמות גנוטיפים (תוצאות שבב לפרים)", המדינות אינן משתתפות במבחן מכיוון שהן שותפות בהתארגנות האירופאית. המדינות תורמות תוצאות שבב לפרים שיובאו ע"י מדינות המשתתפות וקיים מבחן על סמך בנות במדינה המייבאת אך אין למדינה המייבאת תוצאות שבב. לדוגמא: פר גרמני שיש לו מבחן על סמך בנות בסלובניה.
תוספת הגנוטיפים של המדינות התורמות חשובה משני היבטים: הגדלת אוכלוסיית הפרים שבאמצעותם מחשבים את גורם הסמן ובהרבה מקרים הפרים מייצרים קשרים בין המדינות.
האינטרבול ייקבע מדיניות "פיצוי" למדינות התורמות באמצעות שילוב פרים צעירים מהמדינות בקובץ אומדני הורשה גנומיים שהמדינות המשתתפות תקבלנה (קידום יצוא).
אוכלוסיית הייחוס לחישוב השפעות סמנים, פרים עם תוצאת שבב ומבחן על סמך בנות, שווה ל 5,229 מהם 634 מהמדינות שתרמו תוצאות שבב. גודל אוכלוסיית הפרים מאפשר ביצוע מבחן גנומי במהימנות "סבירה".
גרף 1 התפלגות הפרים לפי שנת לידה ועם תוצאות שבב.
בטבלה 2 מוצגת ההשוואה ל 175 פרים צעירים בין תוצאות אינטרבול ל CRV. במבחן האינטרבול, בשונה מ CRV, בחישוב אומדן הורשה של הפר הצעיר לא מתחשבים באומדן ההורשה של האם.
טבלה 2 – ממוצע וסטיית תקן של אומדן הורשה גנומי לפרים ישראליים צעירים לפי מבחן אינטרבול ו CRV, וההפרש בין הממוצעים והמתאמים בין המבחנים. שני המבחנים על סמך תוצאות מדצמבר 2019.
מסקנות מטבלה 2:
• ממוצע אומדן ההורשה של מבחן אינטרבול נמוך מ CRV לתכונות ק"ג חלב, שומן וחלבון ב 195, 11 ו 5.8 בהתאמה. הפערים לתכונות האחרות זניחים.
• המתאמים בין שתי השיטות הם כ 0.8 לכול התכונות.
בקובץ הנתונים שהתקבל לא ניתן לבדוק את ההטיה של מבחני האינטרבול לעומת ה "אמת", כלומר כאשר לפר יש מבחן על סמך בנות.
תוכנית לעתיד
כיום, משולם לחברת CRV כ 2,700 יורו לכול ריצה של מבחן גנומי. בשנה אנו מבצעים כ 4-5 ריצות.
מבחני CRV מספקים את אומדן ההורשה הגנומי לפר צעיר.
אם כן מדוע להשתתף במבחן האינטרבול בפרט שקיימת עלות של כ 5,500 יורו לשנה.
הסיבה: בין שאר התוצאות המתקבלות ממבחן האינטרבול קיים קובץ המחשב לכול תכונה ולכול סמן את גודל ההשפעה. כאמור מספר הפרים שעל פיו מחושבות ההשפעות (תוצאות שבב ומבחן על סמך בנות) מעל ל 5,000 (דומה למספר הפרים במבחן עם CRV) ההשפעות תחושבנה 3 פעמים בשנה ועל סמך התוצאות ניתן יהיה לחשב במערכת ספר העדר מיידית את אומדן ההורשה הגנומי של פר/ה לאחר קבלת תוצאות השבב. לשם כך עלינו לפתח בספר העדר תוכנה מתאימה.
יתרונות ההצעה: עלות שוטפת נמוכה יותר, תוצאות מיידיות של אומדן הורשה גנומי לפר/ה.